HeLa細(xì)胞已經(jīng)在世界各地的許多實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)了近70年,并且長期以來被認(rèn)為是無限供應(yīng)的不變的相同細(xì)胞。然而,2月18日發(fā)表在雜志上的一項(xiàng)新研究表明,細(xì)胞在不同實(shí)驗(yàn)室之間存在很大差異,這引發(fā)了對細(xì)胞系研究重復(fù)性的質(zhì)疑。
“我很高興看到這項(xiàng)研究,但在某種意義上我并不感到驚訝,”斯隆凱特琳癌癥中心的分子生物學(xué)家Prasad Jallepalli說,他沒有參與這項(xiàng)研究。
這并不是HeLa細(xì)胞系自誕生以來第一次出現(xiàn)多樣化的報道:多年來,其他研究小組也證明了HeLa細(xì)胞變異體之間在基因序列和RNA表達(dá)的顯著差異。
這項(xiàng)最新研究首次全面分析了各種HeLa變異體的遺傳變異(不同批次的HeLa細(xì)胞系生活在世界各地的各個實(shí)驗(yàn)室),并且首次證明遺傳異質(zhì)性導(dǎo)致了蛋白質(zhì)表達(dá)和表型的變化。
HeLa細(xì)胞“變了”?
在這項(xiàng)研究中,研究人員從6個國家的13個實(shí)驗(yàn)室收集了14份HeLa樣本,并在相同的實(shí)驗(yàn)室條件下進(jìn)行培養(yǎng)。他們首先量化了基因拷貝數(shù)變異,揭示了它們基因組之間的顯著差異。結(jié)果發(fā)現(xiàn),HeLa變異體之間,特別是CCL2和Kyoto變異體之間存在著巨大的異質(zhì)性。
進(jìn)一步的分析表明,許多這些遺傳差異轉(zhuǎn)化為mRNA產(chǎn)生的變化,并且在較小程度上轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì)豐度的變化。研究人員報告說,HeLa CCL2和Kyoto細(xì)胞系的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組譜彼此之間的差異,就像來自兩種不同類型組織的癌細(xì)胞系之間的差異一樣。
HeLa變異體在培養(yǎng)過程中生長速度也不同,一些細(xì)胞群需要17.5小時才能翻倍,而另一些細(xì)胞在相同的培養(yǎng)條件下需要話費(fèi)超過32小時。它們對沙門氏菌感染的反應(yīng)也有所不同:與其他兩種變體相比,一種變體對感染的敏感性較低,研究人員將其歸因于低水平的蛋白質(zhì)復(fù)合物,這種蛋白質(zhì)復(fù)合物在細(xì)菌進(jìn)入宿主細(xì)胞中起作用。
在一項(xiàng)單獨(dú)的實(shí)驗(yàn)中,研究小組通過培養(yǎng)細(xì)胞系三個月,來觀察HeLa變異體的基因表達(dá)是否會隨著時間發(fā)生變化。研究人員記錄了早期細(xì)胞和晚期細(xì)胞之間基因表達(dá)差異大約6%。
蘇黎世聯(lián)邦理工學(xué)院分子系統(tǒng)生物學(xué)研究所的Ruedi Aebersell教授是該研究的合著者,他說,“即使在同一個實(shí)驗(yàn)室里,這些細(xì)胞的差異和變化速度也是非常驚人的。”他估計(jì),如果一個研究生在項(xiàng)目開始時用HeLa細(xì)胞系做了一個實(shí)驗(yàn),并在六個月后被要求重復(fù)這個實(shí)驗(yàn),他們可能會得到不同的結(jié)果。
關(guān)于研究中的“可復(fù)制性危機(jī)”的討論大多數(shù)集中在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)分析方面的缺陷,以及作為主要驅(qū)動因素的受污染或貼錯標(biāo)簽的細(xì)胞系。但是Aebersell認(rèn)為,HeLa細(xì)胞系和癌細(xì)胞系的生物學(xué)差異可能是關(guān)鍵。
為什么會“變”?
斯坦福大學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)家Tim Stearns認(rèn)為有幾個可能的原因可以解釋為什么細(xì)胞系在長時間培養(yǎng)下會發(fā)生變化。首先,HeLa細(xì)胞是已知基因組不穩(wěn)定的癌細(xì)胞,因此很可能隨時間隨機(jī)突變。此外,它們還會在實(shí)驗(yàn)室中受到各種生長條件的影響,這可能會促使細(xì)胞進(jìn)化出獨(dú)特的特征。例如,他說,哺乳動物細(xì)胞的培養(yǎng)包括將其培養(yǎng)到充滿一個培養(yǎng)皿為止,從培養(yǎng)皿中抽取一部分細(xì)胞,然后將它們放在另一個培養(yǎng)皿中生長,這一過程稱為分裂。“每個人做這件事的方式都有點(diǎn)不同,”他說道。
最新這些發(fā)現(xiàn),對于人類培養(yǎng)細(xì)胞的研究結(jié)果的解釋和重現(xiàn)性有一定的意義。Aebersell和他的同事在論文中提出了幾個具體的解決方案。首先,研究人員應(yīng)該使用癌細(xì)胞系的早期傳代,并確保在同一細(xì)胞系的不同樣本中重復(fù)同一細(xì)胞系的實(shí)驗(yàn)。更重要的是,生物學(xué)家應(yīng)該清楚地報告他們在給定的研究中使用的細(xì)胞系變異體。
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