近日,來自西奈山伊坎醫(yī)學院(Icahn School of Medicine at Mount Sinai)的研究人員使用了一種新的機器學習方法,確定了來自13個大腦區(qū)域中的413個**分裂癥相關基因。這項研究發(fā)表在了《Nature Genetics》上,是同類研究中規(guī)模的一次,參與人數(shù)超過10萬人。這項研究使用機器學習算法,從組織水平上檢測基因表達,不僅可以識別出與**分裂癥相關的新基因,還可以精確定位大腦中可能發(fā)生異常表達的區(qū)域。
雖然**分裂癥患病率較低,只影響了全球不到2%的人口,但由于其治療費用較高且病情容易反復,也會造成很大的公共健康隱患。此外,盡管人們認為有很多基因都會增加患**分裂癥的風險,但對其確切的遺傳基礎卻知之甚少。因為疾病相關基因的發(fā)現(xiàn)對于理解疾病機制尤其重要,所以了解**分裂癥的相關基因?qū)@種疾病的診斷和治療都起到非常關鍵的作用。
因此,研究人員使用了全基因組關聯(lián)研究及轉(zhuǎn)錄組學插補法,利用組織分辨率來識別**分裂癥相關的疾病。 全基因組關聯(lián)研究是生物醫(yī)學研究中越來越常見的研究類型,通過識別遺傳密碼中不同位點的差異,來觀察具有特定特征(如**分裂癥)的人群中是否可以發(fā)現(xiàn)更多的變異。轉(zhuǎn)錄組學插補法是一種新型的機器學習技術,通過這種方法,研究人員能夠檢測疾病和其它組織(比如大腦)中基因表達之間的關聯(lián)。
研究人員對40299名**分裂癥患者和62264名相匹配的對照樣本進行了研究,結果發(fā)現(xiàn)與**分裂癥相關的基因在患者整個成長發(fā)育過程中都有表達:有一些表達發(fā)生在懷孕的特定階段,另外一些表達是在青春期或成年后發(fā)生。研究人員還了解到,大腦的不同區(qū)域與不同的**分裂癥風險相關聯(lián),而大多數(shù)關聯(lián)來自背外側前額葉皮層。
“我們研發(fā)的新預測模型為研究**分裂癥的預測基因表達,以及確定與疾病相關的新風險基因,提供了前所未有的力量,”來自西奈山伊坎醫(yī)學院的遺傳學、基因組科學和**病學助理教授 Laura Huckins 博士表示:“通過結合轉(zhuǎn)錄組學插補和全基因組關聯(lián)研究,我們希望不僅可以闡明與**分裂癥相關的基因發(fā)展,而且能夠為未來的研究方法與設計奠定基礎。”
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