鈣成像記錄了細(xì)胞在體內(nèi)的大規(guī)模神經(jīng)元活動(dòng)。自動(dòng)、快速、可靠的活動(dòng)神經(jīng)元分割是利用神經(jīng)元信號(hào)進(jìn)行實(shí)時(shí)行為研究以發(fā)現(xiàn)成像后神經(jīng)元編碼特性的分析工作流中的關(guān)鍵步驟。目前，最準(zhǔn)確的方法需要人類分析師手動(dòng)追蹤，但識(shí)別記錄單個(gè)神經(jīng)元是一個(gè)艱苦又緩慢的過(guò)程，假設(shè)研究人員不吃不喝不睡且注意力高度集中，30min的視頻需要4-24h才能完成神經(jīng)元分割。
相比之下，杜克大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程系（BME）的圖像處理和神經(jīng)科學(xué)研究人員開發(fā)的一種新的開源自動(dòng)算法可以在幾分鐘內(nèi)準(zhǔn)確識(shí)別和分割神經(jīng)元，且準(zhǔn)確度和人類一樣高。相關(guān)研究發(fā)表在PNAS上。
杜克大學(xué)的研究員、教授龔益陽(yáng)說(shuō)：“神經(jīng)科學(xué)領(lǐng)域的數(shù)據(jù)分析的瓶頸已經(jīng)存在很長(zhǎng)時(shí)間了——數(shù)據(jù)分析師花費(fèi)數(shù)小時(shí)處理數(shù)分鐘的數(shù)據(jù)，但是這個(gè)算法可以在20-30分鐘內(nèi)處理30分鐘的視頻。而且這種算法還能拓展，所以如果需要從具有不同神經(jīng)元大小或密度的另一層大腦分割神經(jīng)元，它可以同樣良好地運(yùn)作。”
該研究的第一作者Somayyeh Soltanian-Zadeh博士說(shuō)，“我們基于深度學(xué)習(xí)的算法很快，并且證明與從雙光子顯微鏡記錄中分割活躍和重疊神經(jīng)元的人類專家一樣準(zhǔn)確。”
深度學(xué)習(xí)算法允許研究人員通過(guò)多層非線性處理單元快速處理大量數(shù)據(jù)，這些處理單元可以通過(guò)訓(xùn)練來(lái)識(shí)別復(fù)雜圖像的不同部分。在這個(gè)數(shù)據(jù)框架中，研究團(tuán)隊(duì)創(chuàng)建了一個(gè)算法，可以處理輸入視頻中的空間和定時(shí)信息。然后，研究人員訓(xùn)練算法模擬人類分析師的分割模式，并且提高算法準(zhǔn)確性。
目前，龔益陽(yáng)教授已經(jīng)在使用這種新方法來(lái)更密切地研究與小鼠不同行為相關(guān)的神經(jīng)活動(dòng)。
Soltanian-Zadeh說(shuō)：“活躍神經(jīng)元檢測(cè)效率的提高，人類將獲得更多關(guān)于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和行為狀態(tài)的信息，這將為神經(jīng)科學(xué)實(shí)驗(yàn)的加速進(jìn)展打開大門。”
此外，研究人員已經(jīng)免費(fèi)公開了開源軟件和他們仔細(xì)注釋的數(shù)據(jù)集。
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