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北京大學(xué)最新Cell論文,徐成冉團(tuán)隊揭示單細(xì)胞分辨率下內(nèi)胚層器官發(fā)生的時空軌跡與遺傳譜系

來源:生物世界
  2025-01-17
2025 年 1 月 16 日,北大徐成冉團(tuán)隊在《Cell》發(fā)表論文,整合多種技術(shù)在單細(xì)胞分辨率下全面解析哺乳動物內(nèi)胚層器官發(fā)生過程,提出新的細(xì)胞分化模型,為發(fā)育生物學(xué)和再生醫(yī)學(xué)提供重要支持。

哺乳動物內(nèi)胚層通過復(fù)雜的細(xì)胞命運決定過程發(fā)育為呼吸系統(tǒng)、消化系統(tǒng)以及多個附屬器官。然而,對于這些器官發(fā)生的早期細(xì)胞分化過程,尤其是胚胎第8.5天(E8.5)至第9.5天(E9.5)的關(guān)鍵階段,目前仍缺乏全面的理解。

2025 年 1 月 16 日,北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院、女性生育力促進(jìn)全國重點實驗室、北大-清華生命科學(xué)聯(lián)合中心徐成冉團(tuán)隊在國際頂尖學(xué)術(shù)期刊 Cell 上發(fā)表了題為:Spatiotemporal and genetic cell lineage tracing of endodermal organogenesis at single-cell resolution 的研究論文。

該研究整合遺傳追蹤、單細(xì)胞分析及高分辨率成像技術(shù),在單細(xì)胞分辨率下全面解析了哺乳動物內(nèi)胚層的器官發(fā)生過程,提出了新的內(nèi)胚層細(xì)胞分化模型,為發(fā)育生物學(xué)和再生醫(yī)學(xué)研究提供了重要的理論支持。

細(xì)胞分化模型

在這項最新研究中,研究團(tuán)隊設(shè)計了創(chuàng)新性的遺傳追蹤編碼,結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-seq)和時間序列成像技術(shù),對 14 個內(nèi)胚層亞區(qū)的譜系軌跡及空間分布進(jìn)行了精準(zhǔn)分析。

該研究的核心發(fā)現(xiàn):

1、創(chuàng)新的遺傳追蹤編碼:研究團(tuán)隊利用 Cre-loxP 系統(tǒng)開發(fā)了 9 種轉(zhuǎn)基因小鼠品系,實現(xiàn)了對 14 個內(nèi)胚層亞區(qū)的單獨追蹤與標(biāo)記。通過熒光蛋白標(biāo)記,這些編碼使每個內(nèi)胚層亞區(qū)的遺傳身份清晰可辨。

2、揭示內(nèi)胚層的多潛能與多起源現(xiàn)象:通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序和譜系親和指數(shù)(Lineage Affinity Index,LAI)分析,研究發(fā)現(xiàn)大多數(shù)內(nèi)胚層亞區(qū)具有多種發(fā)育潛能。同時,器官原基發(fā)育表現(xiàn)出廣泛的多起源現(xiàn)象。例如,肺、胃、肝、胰腺、小腸和大腸等器官均由多個亞區(qū)共同貢獻(xiàn),揭示了器官發(fā)生過程中廣泛的多起源現(xiàn)象。

3、器官發(fā)生的空間模式:通過高質(zhì)量的成像技術(shù)進(jìn)一步解析了內(nèi)胚層器官發(fā)生的空間軌跡,發(fā)現(xiàn)器官發(fā)生在空間上呈現(xiàn)“混合型”和“拼接型”兩種模式?;旌闲停ㄈ绶魏透危╋@示不同來源細(xì)胞的混合分布,而拼接型(如胃腸道)表現(xiàn)為不同來源細(xì)胞在空間上的區(qū)域拼接。

4、重新定義胰腺發(fā)育路徑:研究揭示了胰腺的多元發(fā)育路徑,發(fā)現(xiàn)早期胰腺內(nèi)分泌細(xì)胞直接來源于內(nèi)胚層細(xì)胞,而非傳統(tǒng)觀點中的胰腺祖細(xì)胞。

內(nèi)胚層器官

總的來說,該研究全面繪制了內(nèi)胚層器官發(fā)生的時空軌跡,提出了混合型和拼接型兩種器官空間分布模式,為經(jīng)典的細(xì)胞分化模型提供了全新視角。這些發(fā)現(xiàn)不僅為發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域的基礎(chǔ)理論研究奠定了堅實基礎(chǔ),還為再生醫(yī)學(xué)中的器官再造以及高級類器官模型的開發(fā)提供了重要參考。

北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院博士生李可冉、八年制本科生余佩隆以及前沿交叉學(xué)科研究院PTN項目博士生鄭奇棋為論文共同第一作者,北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院徐成冉教授為論文通訊作。

論文鏈接:

https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(24)01425-9

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